Bis zum Anfang des 20. Jahrhunderts waren mittelalterliche Bibliothekskataloge nur sehr sporadisch und lückenhaft ediert, z.T. sogar völlig unzugänglich. Die Gründung der Kommission erfolgte 1906 im Austausch und in Absprache mit der Österreichischen Akademie der Wissenschaften (ÖAW), die eine gleich­namige Kommission ("Kommission zur Herausgabe der mittelalterlichen Biblio­theks­kataloge Österreichs", später umbenannt in "Kommission für Schrift- und Buchwesen des Mittelalters" – jetzt „Abteilung Schrift- und Buchwesen“: siehe Weitere Links) einsetzte. Die ursprüngliche Absicht war, die mittelalterlichen Bücherverzeichnisse Mitteleuropas, also des ganzen ehemaligen deutschen Reiches zu erfassen, doch angesichts des ungeheuren Umfangs eines solchen Projektes entschlossen sich die Gründungsväter zur Beschränkung auf Österreich, das die ÖAW übernehmen sollte, sowie Deutschland und die Schweiz, die von der BAdW bearbeitet werden sollten (getragen von dem Kartell der deutschen Akademien).

Inzwischen haben sich nicht nur die politischen Grenzen des Forschungsgebietes mehrmals verschoben. Viele Quellen und auch ganze Bibliotheken und Archive sind zerstört worden; andererseits ist die Quellenerschließung durch moderne Katalogisierung, Forschung, Editionsprojekte und Digitalisierung weit vorangeschritten und bietet ganz neue Recherchemöglichkeiten. Nicht zuletzt wurden die MBK selbst 2015 im Rahmen der strukturellen Modernisierung der BAdW von einer Kommission zu einem Projekt umgewandelt. Als Grundlagen- und Langzeitforschungsprojekt bleiben die Aufgaben und Ziele der MBK jedoch konstant.